TestMinIONQC.R

input file and quality cut-off

修改MinionQC.r，讓參數從外面給予
- input.file: albacore 轉換後得到的 sequencing_summary.txt
- q: 作圖時的比對 q 值門檻
- output.dir: 原先 MinionQC 圖片輸出目錄，暫時保留 (重構作圖功能後移除)
- samllfig: 原先 MinionQC 挑整圖片大小 flag，暫時保留為 FALSE

input.file = "minionQC_r\\sequencing_summary.txt"
q = 10
output.dir ="None"
smallfig = FALSE
source("minionQC_r\\MinionQC_ONLYplot.r")

## INFO [2018-11-22 15:26:15] Loading input file: minionQC_r\sequencing_summary.txt

所有的圖 xlab 與 ylab 在 default 高度與寬度時會與格線重疊。

讀長統計(ggplot2 與 plotly)

X軸格線並非等距或等比例，直接畫plotly有問題。

print(p1)

ggplotly(p1, width = 960, height = 480)

Quality統計 (ggplo2 與 plotly)

print(p2)

ggplotly(p2, width = 960, height = 480)

flowcell_overview (不適合丟網頁)

print(p3)

#ggplotly(p3, height=1200)

yield_over_time (ggplot 與 plotly)

print(p5)

ggplotly(p5, width = 960, height = 480)

yield_by_length (ggplot 與 plotly)

print(p6)

ggplotly(p6, width = 960, height = 480)

length_by_hour (ggplot 與 plotly)

suppressMessages(print(p7))

suppressMessages(ggplotly(p7, width = 960, height = 480))

q_by_hour (ggplot 與 plotly)

suppressMessages(print(p8))

suppressMessages(ggplotly(p8, width = 960, height = 480))

reads_per_hour (ggplot 與 plotly)

print(p9)

ggplotly(p9, width = 960, height = 480)

length_vs_q (ggplot 與 plotly)

print(p10)

ggplotly(p10, width = 960, height = 960)

channel_summary (ggploy 與 plotly)

print(p11)

ggplotly(p11, width = 960, height = 480)