修改MinionQC.r,讓參數從外面給予
- input.file: albacore 轉換後得到的 sequencing_summary.txt
- q: 作圖時的比對 q 值門檻
- output.dir: 原先 MinionQC 圖片輸出目錄,暫時保留 (重構作圖功能後移除)
- samllfig: 原先 MinionQC 挑整圖片大小 flag,暫時保留為 FALSE
input.file = "minionQC_r\\sequencing_summary.txt"
q = 10
output.dir ="None"
smallfig = FALSE
source("minionQC_r\\MinionQC_ONLYplot.r")
## INFO [2018-11-22 15:26:15] Loading input file: minionQC_r\sequencing_summary.txt
所有的圖 xlab 與 ylab 在 default 高度與寬度時會與格線重疊。
X軸格線並非等距或等比例,直接畫plotly有問題。
print(p1)
ggplotly(p1, width = 960, height = 480)
print(p2)
ggplotly(p2, width = 960, height = 480)
print(p3)
#ggplotly(p3, height=1200)
print(p5)
ggplotly(p5, width = 960, height = 480)
print(p6)
ggplotly(p6, width = 960, height = 480)
suppressMessages(print(p7))
suppressMessages(ggplotly(p7, width = 960, height = 480))
suppressMessages(print(p8))
suppressMessages(ggplotly(p8, width = 960, height = 480))
print(p9)
ggplotly(p9, width = 960, height = 480)
print(p10)
ggplotly(p10, width = 960, height = 960)
print(p11)
ggplotly(p11, width = 960, height = 480)